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Examinando por Autor "Gismondi, Mauro"

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    Estudio de un factor implicado en la protección frente al daño por frío en duraznos en la especie modelo Arabidopsis thaliana
    (2017) Strologo, Laura; Bustamante, Claudia Anabel; Gismondi, Mauro
    Una vez cosechados, los duraznos son almacenados a bajas temperaturas para retrasar su maduración, lo cual puede producir síntomas de daño por frío afectando su calidad. Entre otras estrategias, el tratamiento con calor precediendo al almacenamiento en frío ha resultado ser efectivo previniendo los síntomas indeseados. PpTRAF se identificó como transcripto inducido por tratamiento térmico y bajas temperaturas. El mismo codifica para una proteína con dedos de zinc de tipo TRAF, verificada experimentalmente como ARN chaperona. En la presente tesina se caracterizó al gen AtTRAF, ortólogo de PpTRAF en Arabidopsis thaliana, cuya funcionalidad es desconocida. La abundancia del ARNm AtTRAF se analizó en distintos órganos de la especie en estudio, alcanzando niveles superiores en órganos florales. Adicionalmente, se observó un aumento en los niveles del transcripto a altas temperaturas, así como también luego de tratamientos por frío en plantas adultas. Por otro lado, se obtuvieron genotipos mutantes KO y sobreexpresantes de AtTRAF sobre los cuales se analizaron rasgos fenotípicos tales como la capacidad de germinar y elongar raíces bajo estímulos de frío y calor, así como también en presencia de ABA, NaCl, H2O2 o manitol. Variadas respuestas frente a tratamientos con temperatura fueron observadas para los genotipos relacionados a AtTRAF respecto a la línea salvaje col-0. Finalmente, utilizando un ensayo de complementación in vivo en la cepa de E. coli RL211, la actividad ARN chaperona de AtTRAF fue confirmada. En conjunto, los resultados obtenidos en el presente trabajo sugieren que AtTRAF podría cumplir un rol molecular como ARN chaperona en respuestas de A. thaliana frente a bajas y altas temperaturas de manera similar a la que podría llevar a cabo PpTRAF en frutos de durazno.
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    Explorando las funciones moleculares de nuevos elementos regulatorios de la expresión génica de enzimas málicas vegetales
    (2022) Rolle, Luciana Margarita; Saigo, Mariana; Gismondi, Mauro
    La enzima málica NADP-dependiente (NADP-ME) cataliza la conversión reversible de malato a piruvato y dióxido de carbono, utilizando como cofactor NADP+ y un catión divalente esencial para su actividad. La NADP-ME está ampliamente distribuida en la naturaleza, y por lo general, cada organismo presenta más de una isoforma activa. En plantas, a excepción de las NADP-MEs implicadas directamente en la fotosíntesis, el rol biológico particular del resto de las isoformas es poco claro. Un análisis filogenético de la familia NADP-ME de plantas mono y dicotiledóneas distribuye estas enzimas en cuatro grupos, dentro de los cuales las proteínas presentan un alto grado de conservación tanto de rasgos peptídicos y estructurales como de abundancias espacio-temporales, que podrían estar relacionados con funciones conservadas. En particular, AtME1 de Arabidopsis thaliana y ZmNADP-ME3 de Zea mays pertenecen a un mismo grupo filogenético que abarca isoformas citosólicas de mono y dicotiledóneas, indicando una relación evolutiva estrecha y quizás una función altamente conservada en angiospermas, aún desconocida. Ambas enzimas se expresan casi exclusivamente durante el desarrollo del grano, son inducibles con el avance de la dormición del grano y mediante la hormona ABA. Mediante análisis bioinformáticos sobre los genes que codifican estas enzimas y de NADP-MEs embrionarias de especies monocotiledóneas, se identificaron arreglos conservados de elementos cis conocidos y desconocidos en la zona del inicio transcripcional anotada. Entre estos elementos se encuentra una díada de motivos de respuesta a ABA (ABRE). Con el fin de profundizar en la caracterización de la familia NADP-ME de maíz y en la identificación de características específicas de ZmNADP-ME3, se recopiló información genómica, transcriptómica y proteómica a partir de bases de datos y trabajos sobre análisis de expresión, obteniendo patrones de expresión únicos para cada isoforma NADP-ME de maíz. Además, se realizaron ensayos de expresión para demostrar la funcionalidad de diferentes fragmentos de la zona del inicio transcripcional del gen ZmNADP-ME3. Esto resultó en la identificación de regiones necesarias para regular el inicio transcripcional a partir de este promotor.
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    Genetic variations in G-quadruplex forming sequences affect the transcription of human disease-related genes
    (Oxford University Press, 2023-11-01) Lorenzatti, Agustín; Piga, Ernesto José; Gismondi, Mauro; Binolfi, Andrés; Margarit, Ezequiel; Calcaterra, Nora B.; Armas, Pablo
    Guanine-rich DNA strands can fold into non-canonical four-stranded secondary structures named G-quadruplexes (G4s). G4s folded in proximal promoter regions (PPR) are associated either with positive or negative transcriptional regulation. Given that single nucleotide variants (SNVs) affecting G4 folding (G4-Vars) may alter gene transcription, and that SNVs are associated with the human diseases’ onset, we undertook a novel comprehensive study of the G4-Vars genome-wide (G4-variome) to find disease-associated G4-Vars located into PPRs. We developed a bioinformatics strategy to find disease-related SNVs located into PPRs simultaneously overlapping with putative G4-forming sequences (PQSs). We studied five G4-Vars disturbing in vitro the folding and stability of the G4s located into PPRs, which had been formerly associated with sporadic Alzheimer’s disease (GRIN2B), a severe familiar coagulopathy (F7), atopic dermatitis (CSF2), myocardial infarction (SIRT1) and deafness (LHFPL5). Results obtained in cultured cells for these five G4-Vars suggest that the changes in the G4s affect the transcription, potentially contributing to the development of the mentioned diseases. Collectively, data reinforce the general idea that G4-Vars may impact on the different susceptibilities to human genetic diseases’ onset, and could be novel targets for diagnosis and drug design in precision medicine.