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First DNA barcode reference library for the identification of South American freshwater fish from the lower Paraná River

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dc.citation.titlePLOS ONEes
dc.citation.volume11(7)es
dc.creatorDíaz, Juan
dc.creatorVillanova, Gabriela Vanina
dc.creatorBrancolini, Florencia
dc.creatorDel Pazo, Felipe
dc.creatorPosner, Victoria María
dc.creatorGrimberg, Alexis
dc.creatorArranz, Silvia Eda
dc.date.accessioned2021-03-19T15:44:14Z
dc.date.available2021-03-19T15:44:14Z
dc.date.issued2016-07-21
dc.descriptionValid fish species identification is essential for biodiversity conservation and fisheries management. Here, we provide a sequence reference library based on mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I for a valid identification of 79 freshwater fish species from the Lower Paraná River. Neighbour-joining analysis based on K2P genetic distances formed non-overlapping clusters for almost all species with a 99% bootstrap support each. Identification was successful for 97.8% of species as the minimum genetic distance to the nearest neighbour exceeded the maximum intraspecific distance in all these cases. A barcoding gap of 2.5% was apparent for the whole data set with the exception of four cases. Within species distances ranged from 0.00% to 7.59%, while interspecific distances varied between 4.06% and 19.98%, without considering Odontesthes species with a minimum genetic distance of 0%. Sequence library validation was performed by applying BOLDs BIN analysis tool, Poisson Tree Processes model and Automatic Barcode Gap Discovery, along with a reliable taxonomic assignment by experts. Exhaustive revision of vouchers was performed when a conflicting assignment was detected after sequence analysis and BIN discordance evaluation. Thus, the sequence library presented here can be confidently used as a benchmark for identification of half of the fish species recorded for the Lower Paraná River.es
dc.descriptionPara citar este articulo: Díaz J, Villanova GV, Brancolini F, del Pazo F, Posner VM, Grimberg A, et al. (2016) First DNA Barcode Reference Library for the Identification of South American Freshwater Fish from the Lower Paraná River. PLoS ONE 11(7): e0157419. doi:10.1371/journal.pone.0157419
dc.description.filFil: Díaz, Juan. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR -CONICET); Argentina.es
dc.description.filFil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.es
dc.description.filFil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.es
dc.description.filFil: Brancolini, Florencia. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Instituto de Limnología “Dr. Raúl A. Ringuelet” (ILPLA - CONICET); Argentina.es
dc.description.filFil: Del Pazo, Felipe. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.es
dc.description.filFil: Posner, Victoria María. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.es
dc.description.filFil: Grimberg, Alexis. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.es
dc.description.filFil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR -CONICET); Argentina.es
dc.description.filFil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.es
dc.description.filFil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.es
dc.description.sponsorshipFondo iBOL Argentina (CONICET): project name: DNA barcoding of fishes from Lower Paraná River (2012- 2014)es
dc.formatapplication/pdf
dc.format.extent1-20es
dc.identifier.issn1932-6203es
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/2133/20243
dc.language.isoenges
dc.publisherPublic Library of Science (PLOS)es
dc.relation.publisherversionhttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0157419es
dc.relation.publisherversionhttps://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0157419es
dc.rightsopenAccesses
dc.rights.holderUniversidad Nacional de Rosarioes
dc.rights.holderDíaz, Juanes
dc.rights.holderVillanova, Gabriela Vaninaes
dc.rights.holderBrancolini, Florenciaes
dc.rights.holderDel Pazo, Felipees
dc.rights.holderPosner, Victoria Maríaes
dc.rights.holderGrimberg, Alexises
dc.rights.holderArranz, Silvia Edaes
dc.rights.textAttribution 4.0 International (CC BY 4.0)es
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by/4.0/*
dc.subjectDNA Barcodinges
dc.subjectElectron Transport Complex Ies
dc.subjectParaná Riveres
dc.subjectFisheses
dc.titleFirst DNA barcode reference library for the identification of South American freshwater fish from the lower Paraná Riveres
dc.typearticle
dc.typeartículo
dc.typepublishedVersion
dc.type.collectionarticulo
dc.type.versionpublishedVersiones

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