Alineado y comparación de secuencias genómicas obtenidas de grupos discrepantes para la detención de regiones cromosómicas que controlan caracteres de frutos de tomate
| dc.contributor.advisor | Cambiaso, Vladimir | |
| dc.contributor.coadvisor | Rodríguez, Gustavo R. | |
| dc.creator | Vazquez, Dana Valeria | |
| dc.date.accessioned | 2020-09-21T23:46:22Z | |
| dc.date.available | 2020-09-21T23:46:22Z | |
| dc.date.issued | 2019 | |
| dc.description | El tomate es un cultivo modelo ampliamente utilizado en los estudios de mejoramiento vegetal, que posee una gran cantidad de recursos e información genómica y posgenómica disponibles. En el año 2012 se obtuvo el primer genoma de referencia en tomate a partir del cultivar Heinz 1706 de Solanum lycopersicum L. y hasta la fecha se han secuenciado y alineado a esta referencia más de 700 genomas pertenecientes a especies silvestres y cultivadas. La morfología de los frutos de tomate es un aspecto de interés ya que define el destino de la producción y preferencia en el mercado de consumo en fresco, y por lo tanto el estudio de las bases genómicas que controlan este carácter y su aplicación en programas de mejoramiento tiene un impacto económico directo. La técnica QTL-seq es una metodología para la identificación de regiones genómicas asociadas a caracteres de interés agronómico en forma rápida y eficiente. Esta técnica combina el análisis de grupos segregantes (BSA o Bulked-segregant analysis) y la secuenciación de genomas completos. En este proyecto se propone alinear las secuencias genómicas de dos grupos de plantas de tomate que difieren para el carácter tipo de carpelo y detectar los polimorfismos asociados a dicho carácter mediante la implementación de la técnica QTL-seq. En la generación F2 del cruzamiento entre los cultivares de tomate (S. lycopersicum L.) ʻVoyageʼ, que presenta frutos con carpelos no fusionados y ʻOld Brooksʼ que tiene frutos con carpelos fusionados se seleccionaron 10 plantas con frutos fusionados y 10 con frutos no fusionados. Se realizó la extracción de ADN de las 20 plantas y se mezcló en partes iguales para obtener grupos de ADN segregantes para el carácter tipo de carpelo. Las muestras de ADN se secuenciaron y alinearon a las versiones SL2.50 y SL3.0 del genoma de referencia de tomate. Se compararon las secuencias alineadas entre sí obteniendo una lista de polimorfismos entre los grupos segregantes respecto a la secuencia de referencia. Se utilizó la metodología G´ del paquete QTLseqr de R para detectar las regiones genómicas subyacentes al rasgo de interés. Se detectaron tres regiones con comportamiento diferencial entre ellos, en los cromosomas 3, 6 y 10. Estas regiones controlarían el carácter tipo carpelo en la población segregante analizada. La región del cromosoma 3 presentó una longitud de 2,88 Mb y un valor máximo de G´ de 4,69 en la posición 56,48 Mb (FDR (q)<0,05), la región del cromosoma 6 abarcó 9 Mb, y tuvo un valor máximo de G´ de 9,8 en la posición 43,57 Mb (FDR (q)<0,01); mientras que la región del cromosoma 10 fue la más extensa, con 59 Mb, y un valor máximo de G´ de 7,27 en la posición 27,95 Mb. (FDR (q)<0,01). Estos resultados serán complementados con estudios genéticos para identificar los mecanismos subyacentes al tipo de carpelo en fruto y diseñar marcadores moleculares para implementar en programas de mejoramiento del cultivo de tomate. | es |
| dc.description | Tomato is one of the most important worldwide cultivation. It is also a model crop widely used in plant breeding studies. There are also many resources available as well as genomic and post genomic information. The fruit morphology in tomato is an aspect of agronomic importance because it defines the production destination and the consumer preferences. Therefore, the study of the genomic bases that control this trait and its application in breeding programs has a direct economic impact. The QTL-seq technique combines the analysis of segregating groups (BSA or Bulked-Segregant Analysis) and the whole-genome sequencing in order to identify genomic regions associated with traits of interest. In this project, we propose to align the genomic sequences from two groups of tomato plants that differ for type of carpel and implement the QTL-seq technique to detect polymorphisms associated with that trait. We based on an F2 population derived from the cross between the tomato cultivars (S. lycopersicum L.) 'Voyage' which presents fruits with unfused carpels, and 'Old Brooks' that has fused fruits. Ten plants with fused and unfused fruits were selected. DNA extraction from the twenty plants was performed and mixed to obtain DNA from two segregating groups for type of carpel. The DNA samples were sequenced and aligned to the SL2.50 and SL3.0 versions of the tomato genome reference. The aligned sequences were compared to each other to obtain a list of polymorphisms. The G´ methodology was implemented using the R package named QTLseqr to detect the genomic regions underlying the trait of interest. It was possible to determine three putative regions, at chromosomes 3, 6, and 10 that would control the type of carpels. The detected G´ values were 4.69 (FDR (q) <0.05), 9.8 and 7.27 (FDR (q) <0.01) respectively. The wholegenome sequences of two discrepant groups for type of carpels were aligned to the tomato reference and three genomic regions with a differential allele distribution between the groups, associated to the trait of interest using the QTL-seq technique were detected. These results will be complemented with genetic studies to identify the mechanisms underlying type of carpel in fruits and to design molecular markers that can be implemented in tomato breeding programs. | es |
| dc.description.fil | Fil: Apellido, Nombre. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina | es |
| dc.description.fil | Fil: Vazquez, Dana Valeria. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina | es |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.identifier.other | nn | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/2133/18980 | |
| dc.language.iso | spa | es |
| dc.rights | openAccess | es |
| dc.rights.holder | Autor | es |
| dc.rights.text | Atribución-NoComercial-Compartirigual 2.5 Argentina (CC-BY-NC-SA 2.5 AR) | es |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/ | * |
| dc.subject | Análisis in sílico | es |
| dc.subject | Genética vegetal | es |
| dc.subject | Morfología de fruto | es |
| dc.subject | Solanum lycopersicum | es |
| dc.subject | QTL-seq | es |
| dc.subject | Tipo de carpelos | es |
| dc.title | Alineado y comparación de secuencias genómicas obtenidas de grupos discrepantes para la detención de regiones cromosómicas que controlan caracteres de frutos de tomate | es |
| dc.type | masterThesis | |
| dc.type | Tésis de Maestría | |
| dc.type | publishedVersion | |
| dc.type | Material Didáctico | |
| lom.educational.context | Superior no universitario | es |
| lom.educational.context | Grado | es |
| lom.educational.context | Posgrado | es |
| lom.educational.context | Centro CyT | es |
| lom.educational.difficulty | Dificil | es |
| lom.educational.esMD | SI | * |
| lom.educational.interactivity | mixta | es |
| lom.educational.typicalAgeRange | adultos | es |
Archivos
Bloque original
1 - 1 de 1
Cargando...
- Nombre:
- TrabajoFinal_EspecializaciónBioinformática_Vazquez_2019 (2).pdf
- Tamaño:
- 1.85 MB
- Formato:
- Adobe Portable Document Format
- Descripción:
- Tesis
Bloque de licencias
1 - 1 de 1
- Nombre:
- license.txt
- Tamaño:
- 3.59 KB
- Formato:
- Item-specific license agreed upon to submission
- Descripción: